動作環境
XP、Server2003、Vista、Server2008 (9x系およびNT、2000では起動しません。)

デバイスIDが正しく設定されていますか？

メニューバーから Tools → Options → Exclusive Scroll Device ID でスクロール専用にするデバイスIDを選択してください。

設定してるタブがスクロール専用デバイスではなくその他のマウスデバイスになっていませんか？

この場合スクロール専用デバイス以外のマウスデバイスのボタンに設定が割り当てられてしまいます。

コンボボックス上でボタンを押していませんか？

ホットキーを設定した後、フォーカスがそのままの状態でボタンを押していませんか？Exclusive Scrollのボタン設定のコンボボックス上では効かない仕様になっています。

関係のないノードにボタン設定をしていませんか？

グループに設定を入力し、その下のプログラムノードにプログラムのパスが入力されていない事はありませんか？

アプリケーションごとの設定が割り当てられていませんか？

デフォルトの設定よりアプリケーションごとに設定した設定が優先されます。

他のマウスドライバやマウスユーティリティと併用していませんか？

他のソフトでボタンに設定を行っているとExclusive Scrollで有効にならない可能性が大きいです。
MicrosoftのIntelliPointと併用されている方はIntelliPointの設定が優先されるを参照。

MicrosoftのIntelliPointを利用しており、例えばホイールボタンにインスタントビューアが割り当てられている場合、IntelliPointはボタンを押したというメッセージを破棄してしまい、Exclusive Scrollはホイールボタンが押されたという事を感知できません。

IntelliPointではホイールボタンに[中クリック]を割り当ててください。拡張ボタン1には[戻る(デフォルト)]、拡張ボタン2には[進む(デフォルト)]を割り当ててください。

Exclusive ScrollのOther Mouse Deviceタブで、スクロール専用デバイス以外のマウスデバイスにボタン設定出来ます。

スクロールバーは外見は同じでもアプリケーションによってスクロール方法が大きく異なります。
そのスクロールの方法自体がわからないアプリケーションも多数あります。
利用しているアプリケーションでスクロールができない場合は、同梱されているプラグインを試してみるか、プラグインの作成を検討してください。

ウェブブラウザの設定でスムーズスクロールをOffにすることをおすすめします。
IEやOperaはデフォルトでこれがOnになっています。

このアプリケーション自体にはマクロ機能はありませんが、他のマクロ登録アプリケーションと併用してマクロを実行することは可能です。

コンボボックスの▼を押して[Open File...]を選択し、スクリプトマクロを開くように設定してください。

ボタンを押した際、離した際にそれぞれ別のマクロを実行したい場合は、AutoHotkey等でまず、任意キーのアップダウンをマクロやキー割り当てでリマップしておきます。その後、その任意キーをExclusive Scroll側で押すように設定してください。

例えば、AutoHotkeyやAutoItで作成したスクリプトを実行出来ます。

AutoHotkey http://www.autohotkey.com/
AutoIt http://www.autoitscript.com/autoit3/

そこまで凝ったスクリプトを組む必要がない場合は、Windowsに標準搭載されているWSHでキーボードマクロを書いてみるのもよいかもしれません。
下記はNotepadを起動し、文字を入力後、全選択を行い、コピー＆ペーストを行うマクロの例です。

' VBScriptSimpleSample.vbs

Option Explicit
Dim shell, exec
Set shell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Set exec =shell.Exec("notepad.exe") ' Notepad起動
WScript.Sleep(200) ' 200ミリ秒待つ

shell.SendKeys "SimpleSample" ' 文字入力
shell.SendKeys "^a" ' Ctrl+A
shell.SendKeys "^c" ' Ctrl+C
shell.SendKeys "{RIGHT}" ' →
shell.Sendkeys "{ENTER}" ' Enter
shell.SendKeys "^v" ' Ctrl+V